El TS establece el carácter vinculante del informe del Ministerio de Ciencia para la deducción por innovación tecnológica

El Tribunal Supremo ha anulado las sentencias de la Audiencia Nacional que respaldaron los informes del Equipo de Apoyo Informático, unidad interna de la AEAT, por contradecir el dictamen vinculante en materia de innovación tecnológica que había emitido el Ministerio de Ciencia e Innovación. Según comunicado del Poder Judicial, lo ha hecho a través de tres sentencias recientes, dictadas en los recursos de casación n.º 948/2023, 1633/2023 y 1635/2023, todavía no publicadas, en las que se examinaba la situación derivada de la aplicación del TRLIS de 2004, vigente hasta 2014.

Según el artículo 35.4 del TRLIS, las empresas pueden solicitar un informe motivado al Ministerio de Ciencia e Innovación (MCIN) para la deducción fiscal por innovación tecnológica. Dicho informe, según la ley, es vinculante para la Administración tributaria. Y vincula a la Administración (aquí a la AEAT) en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal innovación tecnológica, sino también en las inversiones y gastos que, presentados por las empresas, hayan sido evaluados de forma positiva. 

Son informes que no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta. Es más, se precisa que el informe tiene como objetivo proteger a las empresas de la incertidumbre y las arbitrariedades derivadas de posibles correcciones por parte de la Administración.

Por otra parte, la Sala también analiza si la AEAT, al comprobar la deducción por innovación tecnológica, puede neutralizar el valor probatorio de ese informe vinculante a través de un documento interno de sus propios funcionarios (del EAI) no presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso ni sometido a contradicción de las partes en el proceso. En relación con ello, se indica que un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, que es vinculante por la ley para la Administración emisora, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración. Incluso en aquellos casos excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica (no concurrente en el caso), en los que esa contradicción pudiera ser aducida por la AEAT mediante prueba, para el Tribunal Supremo no es aceptable la prueba autocreada en el seno de sus dependencias internas. Y, aun aceptándose a efectos dialécticos que cabe esa prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un tribunal de justicia entre los documentos del expediente administrativo.

En particular, de hecho, se puntualiza que el informe del EAI no procede de un órgano independiente de la AEAT, ni está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones, en especial cuando contradicen un informe vinculante. Además, no consta que dicho EAI posea conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración.

Sobre la base de todo ello, las tres sentencias del Tribunal Supremo anulan las decisiones anteriores de la Audiencia Nacional, declarando nulas las liquidaciones recurridas (en las que se negaba la deducción en el IS) y reconocen a las recurrentes el derecho a la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica, declarada en sus autoliquidaciones.

Fuente: Nota de prensa del Poder Judicial.